全面深化改革，一定意义上说是对既有体制机制弊端的一次“大手术”。既然是手术，难免会伴有阵痛。如何最大限度地减轻这种阵痛?这就需要在“通”上下功夫。具体来说，做到“三通”很重要。
思想要“疏通”。思想是行动的先导。思想上能否破冰，直接决定着行动上能否突破。全面深化改革，思想观念的“疏通”是先决条件。“通”的反面是“塞”，即藩篱和阻力。阻碍改革的思想阻力大致可分为三类：一是不愿改革，即顾忌个人名利得失，抱着既得利益不放，害怕改革，拖延甚至阻挠改革;二是不会改革，即思想不敏锐、思路不开阔，本领不够、能力不强，习惯于老路子、老办法，缺乏新思路、新办法;三是不敢改革，即缺乏改革的勇气和胆略，怕触及矛盾、承担责任，怕出乱子、犯错误。全面深化改革，首先需要在思想认识上克服这三种阻力，摆脱既得利益的束缚，拨开短视思维的迷雾，树立坚定信心，培养过人胆识，锻造过硬能力。
言路要“畅通”。在我国历史上，言路畅通往往成为社会政治清明的一个重要标志。在当今时代，社会的安定和谐在一定意义上也与民意的畅达直接相关。全面深化改革与每一个个体的利益休戚相关。改革是众人之事，自然要纳群众之言、汇群众之智、集群众之力。做到这一点，需要大力发扬民主，通过多种方式，开辟多种渠道，让广大人民群众畅所欲言、各抒己见，集思广益，充分调动人民群众参与改革的积极性、主动性和创造性。对于领导干部而言，需认真倾听群众怎么说，深入了解群众的看法，汲取群众的智慧，以群众拥护、赞成、高兴作为改革成效的最终检验标准，使改革在畅通的言路中得到深化和拓展。
制度要“贯通”。思想通、言路通，是制度通的前提和基础。没有思想的疏通、言路的畅通，就不可能把实践中的成功做法和经验及时上升为制度，更不可能建立一套行之有效的制度体系。当前，我们的一些制度还存在不健全、不完善、不科学、不严谨的地方，“贯通”性、协同性亟待增强。全面深化改革是一项复杂的系统工程，需要加强顶层设计和整体谋划，加强各项改革关联性、系统性、可行性研究。健全制度体系、消除制度障碍、堵塞制度漏洞，打通制度通道，成为改革的当务之急。加强顶层设计和整体谋划，就是为了确保各个制度要素之间相互渗透、相互贯通、相互促进。有的人对此存在误解，认为顶层设计只是中央要做的事，省、市、县、乡的单位和部门只要“照单抓药”即可。其实不然。顶层设计是一个系统概念，研究的是系统当中各个要素之间的关系。中央自然是顶层，但一个省、一个市、一个县、一个乡也是一个有机系统，也要做好建章立制的工作，也要考虑本地本部门各个制度要素之间贯通的问题，也要按照系统完备、科学规范、运行有效的原则来推进制度改革，和中央的顶层设计形成呼应，使全面深化改革的制度体系真正“贯通”起来。
